Múzeum fotografie vzniklo v roku 2015 ako zbierkotvorná inštitúcia Stredoeurópskeho domu fotografie (SEDF), ktorej cieľom je budovanie zbierky fotografií autorov tvoriacich od druhej polovice 20. storočia až po súčasných predstaviteľov fotografickej scény. Fotografie múzeum získava formou daru od žijúcich autorov, prípadne od potomkov už nežijúcich fotografov.

Prvého júna v roku 2016 Múzeum otvorilo v budove SEDF výstavné priestory začalo tak s výstavnou a výskumnou činnosťou, ktorej výsledkom bolo viacero realizovaných expozícií (Počiatky fotografie na Slovensku, Košicko-bohumínska železnica, Gustáv Matz, Bratislava a fotografia 1839 – 1918, Vojtech Alexander, 100 rokov fotografickej techniky a ďalšie) a projekt webového portálu BAAT – bratislavské fotografické ateliéry. 

Ambíciou Múzea fotografie je oboznamovať laickú verejnosť s počiatkami fotografie, združovať odborníkov a inštitúcie, ktoré sa tejto téme venujú a poskytnúť priestor na prezentáciu a výskum nových poznatkov z oblasti dejín slovenskej fotografie 19. storočia a prvej polovice 20. storočia.